Doch auch das FSC-Zertifikat wird kritisiert. Denn die Kriterien werden den Gegebenheiten vor Ort angepasst. So kam es in den vergangenen Jahren immer wieder vor, dass auch größere Monokulturen zertifiziert wurden, selbst mit Eukalyptus. Dabei werden Monokulturen ökologisch ohnehin kritisch gesehen. Plantagen mit Eukalyptus gelten sogar als umweltschädlich, weil ihr hoher Wasserbedarf den Boden auslaugt und den Grundwasserspiegel senkt. Die Umweltschutzorganisation Robin Wood ist in 2009 wegen Bedenken bei der Zertifizierung aus dem FSC ausgetreten. Andere Kritiker, darunter auch Gründer des FSC wie Simon Counsell, berichten auf www.FSC-watch.org immer wieder über aktuelle Probleme und mahnen Reformen an.

Als Hauptproblem beim FSC gilt vor allem die Zertifizierung. Kritiker wie Pro Regenwald e.V. bemängeln, dass die Zertifizierer nicht wirklich unabhängig sind. Denn der Betrieb sucht sich den Zertifizierer selbst aus und bezahlt ihn. Genau wie in der Finanzwirtschaft stellt sich daher die Frage, welchen Wert ein bezahltes Rating hat. Mehr noch: Weil durch die vorgeschriebenen regelmäßigen Kontrollen in den Folgejahren weitere Einnahmen winken, sind Interessenkonflikte bisweilen vorprogrammiert.